Theo đánh giá của Bộ GD&ĐT, Luật Giáo dục đại học năm 2012 đã tạo hành lang pháp lý vững chắc cho hoạt động giáo dục đại học. Riêng quy định về tự chủ đại học, sau 4 năm thực tế triển khai cho thấy đã phần nào gắn với đổi mới quản trị, nâng cao các điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo, kiểm soát chất lượng đào tạo, tạo khung pháp lý để phát triển các trường đại học ngoài công lập không vì lợi nhuận, tạo nền tảng định hướng cho giáo dục đại học hội nhập khu vực và quốc tế.
Tuy nhiên, Bộ GD&ĐT cũng nhận định, quy định thực hiện tự chủ đại học còn chung chung, chưa rõ ràng nên việc thực hiện còn hình thức, chưa đúng bản chất tự chủ. Ngoài ra, việc quy định cơ chế bộ chủ quản làm giảm hiệu quả thực hiện tự chủ đại học và tính chủ động trong quản trị, quản lý và tổ chức thực hiện của cơ sở giáo dục đại học. Vì vậy, cần mở rộng hơn quyền tự chủ và mức độ tự chủ, đồng thời cần điều chỉnh quy định để Bộ GD&ĐT quản lý nhà nước đối với các trường sư phạm cho phù hợp với Luật Giáo dục nghề nghiệp.
Cụ thể, nhằm tạo điều kiện cho các cơ sở giáo dục đại học thực hiện quyền tự chủ, Bộ GD&ĐT đề xuất xóa bỏ cơ chế bộ chủ quản, chấm dứt việc giao cho UBND cấp tỉnh thực hiện quản lý nhà nước đối với các cơ sở giáo dục đại học. Các cơ sở giáo dục đại học chỉ chịu sự quản lý nhà nước của Bộ GD&ĐT thông qua hệ thống pháp luật, tiêu chuẩn chất lượng... và các hoạt động thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm. Các trường chủ động trong quản trị, quản lý và tổ chức thực hiện. Cùng với đó sẽ điều chỉnh quy định để Bộ GD&ĐT quản lý nhà nước đối với các trường sư phạm. Bộ GD&ĐT nêu lên một số giải pháp để thực hiện chính sách trên.
Đề xuất xóa cơ chế bộ chủ quản trong giáo dục đại học của Bộ GD&ĐT không phải lần đầu tiên được đưa ra nhưng đến thời điểm gần đây nó mới thực sự được “hâm nóng” trở lại. Tại hội thảo với chủ đề “Tự chủ đại học – cơ hội và thách thức” do Hiệp hội Các trường đại học, cao đẳng Việt Nam phối hợp cùng Hội đồng Quốc gia giáo dục và phát triển nhân lực đồng tổ chức hồi tháng 9 năm ngoái, Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam đã đến tham dự và ông cũng đề cập đến nội dung này. Vấn đề vướng mắc rất lớn đối với tự chủ đại học, theo Phó Thủ tướng là mô hình quản trị đại học rất cần bàn thảo sâu và nếu không có đột phá thì rất khó thực hiện tự chủ đại học.
Phó Thủ tướng cho rằng, mô hình hội đồng trường là nhằm tăng quyền tự chủ của trường đại học, chuyển từ mô hình quản trị hành chính một thủ trưởng sang mô hình quản trị là cá nhân kết hợp với tập thể khi các cơ quan hành chính chủ quản không còn can thiệp vào hoạt động của trường. Nhưng thực tế thời gian qua, hội đồng trường trong các trường công lập chưa phát huy được vai trò đúng nghĩa, quyền lực vẫn tập trung vào hiệu trưởng...
Từ đó, ông nhấn mạnh phải từng bước tiến tới xóa bỏ cơ chế bộ chủ quản để đảm bảo cho hội đồng trường hoạt động hiệu quả. Khi trao cơ chế tự chủ cho trường đại học hoàn toàn không đồng nhất với cơ chế phân quyền trách nhiệm giám sát trường đại học từ trung ương cho các tỉnh, thành phố và địa phương.
TS Nguyễn Đức Nghĩa, Phó Giám đốc Đại học Quốc gia TP HCM cho rằng đây là vấn đề lớn, phải định nghĩa thế nào là chủ quản, bỏ bộ chủ quản là bỏ cái gì, hô hào là bỏ nhưng rồi các thông tư, quy chế vẫn còn nguyên xi thì tự chủ thế nào... Quan điểm của TS Nghĩa rất cần được quan tâm vì theo thống kê hiện nay, Bộ GD&ĐT chỉ quản lý khoảng hơn 1/3 số trường đại học, cao đẳng, còn lại là các trường do các bộ, ngành khác quản lý thì liệu có bỏ các trường của họ được không?.