Trong thời gian giữ chức vụ Tỉnh ủy viên, Bí thư Đảng ủy, Trưởng Ban Quản lý các khu công nghiệp Thái Nguyên kiêm Giám đốc Ban Quản lý các dự án đầu tư xây dựng khu công nghiệp (giai đoạn 2013-2019) ông Phan Mạnh Cường đã vi phạm các nguyên tắc tổ chức, sinh hoạt đảng và Quy chế làm việc, vi phạm Quy định về những điều đảng viên không được làm, thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, có nhiều vi phạm trong quản lý, sử dụng tài chính, ngân sách, tài sản, đất đai.
Những vi phạm của ông Phan Mạnh Cường gây hậu quả rất nghiêm trọng, làm thiệt hại tiền, tài sản của Nhà nước, gây bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, mất uy tín cá nhân. Trong quá trình kiểm điểm, không tự giác nhận vi phạm, khuyết điểm.
Căn cứ nội dung, tính chất, mức độ hậu quả, nguyên nhân vi phạm theo quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khai trừ ra khỏi Đảng đối với ông Phan Mạnh Cường.