Trong quá trình quản lý thuế, giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với Công ty TNHH Junma Phú Thọ (Mã số thuế 2600701096; địa chỉ: Lô số 10, KCN Thụy Vân, xã Thụy Vân, TP Việt Trì, tỉnh Phú Thọ) của kỳ thuế tháng 7/2019, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã xác định phân loại và thực hiện kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách Nhà nước của Công ty TNHH Junma Phú Thọ và kiểm tra sau hoàn đối với một số hồ sơ đã được hoàn thuế nhưng chưa được kiểm tra sau hoàn.
Quá trình kiểm tra xác định trong thời gian liên quan đến các kỳ kiểm tra, Công ty có mua gỗ tròn và gỗ ván bóc của các hộ, cá nhân nhưng không có hóa đơn, do đó Công ty đã hợp thức bằng việc lập các Bảng kê thu mua gỗ tròn trực tiếp của người trồng rừng bán ra.
Với hành vi này, Công ty đã vi phạm chế độ về lập chứng từ kế toán theo quy định tại Luật kế toán và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Do vậy, ngày 24/10/2019 Cục Thuế Phú Thọ đã có văn bản báo cáo và đề nghị Tổng cục Thuế chỉ đạo, hướng dẫn về việc giải quyết hoàn thuế GTGT đối với Công ty Junma. Đồng thời, Cục Thuế đã ban hành Thông báo về việc tạm dừng giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Cục Thuế sẽ tiếp tục xử lý và giải quyết hồ sơ hoàn thuế sau khi có ý kiến chỉ đạo, hướng dẫn của Tổng cục Thuế.
Từ tháng 11/2019 đến tháng 4/2020, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ tiếp tục nhận được các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của Công ty cho các kỳ thuế từ tháng 8/2019 đến tháng 3/2020.
Căn cứ quy định tại Luật thuế GTGT, Luật Quản lý thuế, Quy trình quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành. Cục Thuế tiếp tục xác định phân loại và thực hiện kiểm tra trước hoàn đối với các hồ sơ đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước của công ty.
Trong quá trình kiểm tra, Cục Thuế Phú Thọ nhận thấy có dấu hiệu rủi ro do Công ty lập một số chứng từ không đúng bản chất của việc mua gỗ nguyên liệu đầu vào.
Do vậy, ngày 27/12/2019 Cục Thuế đã có văn bản đề nghị Phòng cảnh sát kinh tế - Công an tỉnh Phú Thọ phối hợp xác minh nguồn gốc gỗ nguyên liệu mua vào của Công ty TNHH Junma Phú Thọ.
Để xác định rõ công ty mua gỗ tròn hay gỗ ván bóc, trên cơ sở đó xác định các vi phạm để xử lý theo quy định của pháp luật. Đồng thời, do nhận thấy có nhiều dấu hiệu nghi vấn trong việc mua, bán hàng hóa gỗ nguyên liệu Công ty mua vào, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã chuyển cho Phòng cảnh sát kinh tế - Công an tỉnh Phú Thọ thông tin liên quan đến hóa đơn, hợp đồng mua bán gỗ ván bóc của một số doanh nghiệp có bán hàng hóa là nguyên liệu gỗ cho Công ty TNHH Junma Phú Thọ, nhưng có dấu hiệu của việc mua bán hàng hóa, sử dụng hóa đơn không đúng thực tế và đề nghị Phòng cảnh sát kinh tế - Công an tỉnh Phú Thọ điều tra, xác minh và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật.
Quá trình điều tra, xác minh Phòng cảnh sát kinh tế - Công an tỉnh Phú Thọ đã xác định Công ty TNHH Junma Phú Thọ có hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hợp thức cho hàng hóa là nguyên liệu gỗ mua vào và kê khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT.
Ngày 15/5/2020, Cơ quan cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Phú Thọ đã ban hành quyết định về việc khởi tố vụ án hình sự "Mua bán trái phép hóa đơn" và "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Công ty TNHH Junma Phú Thọ.
Do vậy, cùng ngày, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã chuyển hồ sơ, vụ việc có dấu hiệu tội phạm sang Cơ quan cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Phú Thọ để điều tra, xử lý. Đồng thời, Cục Thuế cũng đã ban hành Thông báo về việc tạm dừng giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của Công ty TNHH Junma Phú Thọ.
Sau khi có kết luận xử lý vụ án "Mua bán trái phép hóa đơn" và "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Công ty TNHH Junma Phú Thọ của Cơ quan cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Phú Thọ, Cục Thuế sẽ tiếp tục thanh tra, kiểm tra và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Số tiền thuế GTGT chưa được giải quyết hoàn thuế theo các hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ tháng 7/2019 đến tháng 3/2020 của Công ty TNHH Junma Phú Thọ là trên 135 tỷ đồng.
Đây là vụ việc có sự phối hợp chặt chẽ giữa Cục Thuế tỉnh và Công an tỉnh Phú Thọ. Đồng thời xác định đây là vụ án có tính chất phức tạp, quy mô và mức độ vi phạm có tính chất nghiêm trọng.