Trong đó có nhiệm vụ nghiên cứu phát triển mạng lưới đường thủy và cảng, bến về phía Nam, phía Tây Nam (khu vực huyện Củ Chi, huyện Bình Chánh...) để đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế, xã hội của thành phố trong tình hình mới hiện nay.
Trước đó, trong báo cáo quy hoạch kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa tại TP HCM giai đoạn 2021 - 2030, được Sở Giao thông vận tải TP HCM gửi Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có nêu rõ, định hướng phát triển mạng lưới đường thủy nội địa trong giai đoạn sắp tới là tập trung đầu tư các tuyến giao thông đường thủy kết nối khu Đông thành phố tới cảng Cát Lái, từ nội thành kết nối đến cảng Hiệp Phước (huyện Nhà Bè) và hai tuyến vành đai.
Bên cạnh đó, để chủ động trong việc phát triển vận tải hàng hóa, hành khách đáp ứng yêu cầu phát triển của TP HCM, đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy, bảo trì đường thủy nội địa, xây dựng các công trình kè bảo vệ bờ sông kết hợp chỉnh trang đô thị hai bên bờ sông
Sở Giao thông vận tải TP HCM cho biết theo đề án phát triển kết cấu hạ tầng giao thông TP HCM, giai đoạn 2020 - 2030, TP HCM dự kiến triển khai 123 dự án trong lĩnh vực giao thông đường thủy với tổng vốn đầu tư 41.574 tỉ đồng.
Không chỉ đầu tư 5 dự án cảng đường thủy nội địa phục vụ phát triển trung tâm logistics, 20 bến thủy nội địa, 51 dự án bảo đảm tĩnh không các cầu trên các tuyến thủy nội địa, TP HCM còn đầu tư các tuyến liên kết nội thành vùng ven, liên kết đến các cảng và các tuyến khách liên tỉnh (TP HCM đi Hà Tiên, Đồng Tháp Mười, Mộc Hóa, Biên Hòa..).