Theo Nghị định, doanh nghiệp được xác định là doanh nghiệp quốc phòng, an ninh (QPAN) trong các trường hợp: Phải đảm bảo đồng thời các điều kiện: Là công ty TNHH Một thành viên do Bộ Quốc phòng, Bộ Công an thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu nhà nước tại doanh nghiệp; có ngành, lĩnh vực và địa bàn hoạt động quy định tại Phụ lục 1 về Danh mục ngành, lĩnh vực hoặc địa bàn trực tiếp phục vụ QPAN kèm theo Nghị định này; được Bộ Quốc phòng, Bộ Công an giao nhiệm vụ sản xuất, cung ứng các sản phẩm, dịch vụ QPAN hoặc thực hiện nhiệm vụ QPAN bằng nguồn lực của Nhà nước hoặc nguồn lực của doanh nghiệp phù hợp với mục tiêu đầu tư, thành lập doanh nghiệp. Ngoài ra, các trường hợp khác do Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định để đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ QPAN từng thời kỳ.
Cơ cấu tổ chức của doanh nghiệp QPAN thực hiện theo quy định tại Luật Doanh nghiệp và các quy định pháp luật liên quan. Tiêu chuẩn, điều kiện, quy trình bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, khen thưởng, kỷ luật đối với các chức danh quản lý của doanh nghiệp QPAN thực hiện theo quy định của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp QPAN được áp dụng các chính sách khác với loại hình doanh nghiệp khác. Cụ thể, doanh nghiệp QPAN được miễn, giảm tiền thuê đất, tiền sử dụng đất và thuế sử dụng đất đối với diện tích đất được giao quản lý, sử dụng phục vụ nhiệm vụ QPAN phù hợp với quy định tại Luật Đất đai và các văn bản hướng dẫn thi hành. Được Nhà nước đảm bảo các khoản chi phí gồm: Quân trang cho sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân viên quốc phòng, hạ sỹ quan, công nhân công an; chi cho nhiệm vụ diễn tập, huấn luyện chiến đấu, huấn luyện dự bị động viên; các khoản chi cho công tác QPAN, công tác phục vụ quốc phòng, quan hệ quân dân. Trường hợp ngân sách nhà nước không đảm bảo đủ thì được hạch toán các khoản chi phí này vào chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp và được loại trừ các chi phí này khi thực hiện đánh giá, xếp loại doanh nghiệp theo quy định của Chính phủ.
Được Nhà nước cấp kinh phí cho việc duy trì, bảo dưỡng, sửa chữa vận hành các dây chuyền sản xuất QPAN trong trường hợp tạm ngừng sản xuất mà không có khả năng tự bù đắp chi phí. Nhà nước hỗ trợ 02 quỹ khen thưởng và phúc lợi bằng 2 tháng lương thực hiện trong trường hợp không đủ nguồn để trích lập. Nhà nước hỗ trợ kinh phí nhà trẻ, giáo dục tại địa bàn chưa có trường lớp theo hệ thống giáo dục công lập; kinh phí y tế đối với những nơi do điều kiện đặc biệt phải duy trì bệnh xá. Các doanh nghiệp QPAN cũng được tính khấu hao đối với những tài sản cố định là dây chuyền đầu tư sản xuất vũ khí, khí tài, trang thiết bị phục vụ nhiệm vụ QPAN có vốn đầu tư lớn theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Đối với người lao động trong doanh nghiệp QPAN cũng được hưởng các chế độ, chính sách đặc biệt. Cụ thể, tiền lương của lao động là sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, hạ sỹ quan được tính phù hợp với quy định về chế độ, chính sách của pháp luật đối với sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, hạ sỹ quan và căn cứ vào kết quả sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Khi thực hiện nhiệm vụ QPAN, người lao động nếu bị thương hoặc bị chết mà đủ điều kiện, tiêu chuẩn thì được xem xét, xác nhận là người có công theo quy định của pháp luật về người có công; người lao động bị tai nạn lao động thì xét hưởng chế độ tai nạn lao động theo quy định của pháp luật về lao động.
Nhà nước đảm bảo kinh phí trả lương, đóng bảo hiểm xã hội cho sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp trong thời gian chuẩn bị nghỉ hưu; thanh toán các khoản chi ra quân, xuất ngũ, phục viên, thôi việc theo chế độ hiện hành; hỗ trợ trả lương cho số lượng người lao động tối thiểu cần phải duy trì để doanh nghiệp vận hành các dây chuyền sản xuất QPAN trong trường hợp tạm ngừng sản xuất mà không có khả năng tự bù đắp chi phí.
