Về trình tự thủ tục thực hiện tổ chức lựa chọn nhà thầu, cơ quan thanh tra đã chỉ ra một số sai sót, vi phạm tại Sở Y tế Quảng Ngãi. Chẳng hạn như, việc chấm thầu mặt hàng thuốc thuộc Hoạt chất Disomin + Hesperidin 450 + 50mg cho thấy, thỏa thuận liên danh giữa Công ty TNHH MTV Dược Nam Anh và Công ty CP Dược phẩm TW1 - Pharbaco 4 không nêu danh mục mặt hàng thuốc tham gia dự thầu và phân chia nhiệm vụ cung cấp thuốc của từng nhà thầu trong liên danh.
Bên cạnh đó, việc chấm "đạt" mặt hàng thuốc Allernon 450/50mg của Tổ chuyên gia không có cơ sở vì hồ sơ kỹ thuật dự thầu mặt hàng này chưa được Cục Quản lý Dược - Bộ Y tế cấp phép lưu hành mà chỉ có giấy biên nhận hồ sơ đăng ký thuốc của Cục Quản lý dược dự kiến cấp vào tháng 8/2014.
Về thanh tra xử lý vi phạm nhà thầu và quản lý, giám sát, điều tiết thuốc, Kết luận thanh tra chỉ ra, việc tổ chức lựa chọn nhà thầu năm 2017 của Sở Y tế Quảng Ngãi đối với mặt hàng Calci lactat 500mg, nồng độ, hàm lượng 500mg/10ml có 2 nhà thầu tham dự là Liên danh Công ty CP Thương mại Dược phẩm Nhật Lệ - Công ty CP Dược phẩm An Thiên với sản phẩm Fulcalmax và Công ty CP Dược phẩm Trung ương Codupha với sản phẩm A.T Calmax 500.
Theo đó, Tổ chuyên gia chấm thầu sản phẩm A.T Calmax không đạt kỹ thuật, Công ty CP Dược phẩm Trung ương Codupha sau đó có Công văn số 78/2017-CDP ngày 30/10/2017 rút hồ sơ dự thầu mặt hàng này nhưng Sở Y tế không xử lý vi phạm bảo đảm dự thầu - là thực hiện không đúng quy định tại Điểm a, Khoản 8, Điều 11 Luật Đấu thầu 2013.
Sau khi có quyết định thanh tra, Sở Y tế mới có Công văn số 24/SYT-NVD ngày 7/1/2020 về thu tiền bảo đảm dự thầu với số tiền 155.524.897 đồng đối với mặt hàng thuốc do Công ty CP Dược phẩm Trung ương Codupha dự thầu. Đến tháng 3/2022, nhà thầu này mới nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước.
Ngoài ra, theo Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi, việc Công ty CP Dược phẩm An Thiên vừa liên danh với Công CP Thương mại Dược phẩm Nhật Lệ tham dự thầu sản phẩm thuốc Fulcalmax với giá cao, vừa là nhà sản xuất thuốc A.T Calmax cho Công ty CP Dược phẩm Trung ương Codupha tham gia dự thầu với giá thấp hơn trong cùng một gói thầu là có xung đột, mâu thuẫn về lợi ích.
“Dù Hội đồng đấu thầu thuốc của Sở Y tế hoàn toàn có đầy đủ thông tin về việc này nhưng không kiểm tra, xử lý mà vẫn tiến hành lựa chọn và phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu đối với sản phẩm này. Tiếp sau đó, Công ty CP Dược phẩm An Thiên lại có văn bản đề nghị Công ty CP Dược phẩm Trung ương Codupha rút thầu đối với sản phẩm A.T Calmax (giá thấp hơn), từ đó Công ty Codupha cũng có Công văn số 78/2017-CDP ngày 30/10/2017 rút hồ sơ dự thầu mặt hàng A.T Calmax sau thời điểm mở thầu là có dấu hiệu rõ ràng của hành vi thông thầu”, Kết luận thanh tra nêu rõ.
Theo Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi, việc phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu Liên danh An Thiên - Nhật Lệ với sản phẩm Fulcamax là thiếu tinh thần trách nhiệm, gây hậu quả thất thoát quỹ BHYT, có dấu hiệu của tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng quy định tại Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017).
Tương tự, việc tổ chức lựa chọn nhà thầu năm 2016 của Sở Y tế Quảng Ngãi đối với 2 mặt hàng Terpin-codein 5mg và Humaglobin theo Thanh tra Tỉnh là có vấn đề. Cụ thể, trong quá trình mời thương thảo hợp đồng, Công ty CP Dược phẩm TV.Pharm có công văn không tiến hành thương thảo hợp đồng đối với 2 mặt hàng này nhưng Sở Y tế Quảng Ngãi không xử lý vi phạm bảo đảm dự thầu là thực hiện không đúng quy định tại Khoản 1, Điều 19, Nghị định 63/2014/NĐ-CP.
Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi cho biết, qua kiểm tra các gói thầu do Sở Y tế tổ chức đấu thầu theo kế hoạch đấu thầu thuốc năm 2014 đến năm 2015, phát hiện 6 mặt hàng có giá mặt hàng thuốc xét duyệt trúng thầu vượt giá bán buôn kê khai, kê khai do Cục Quản lý Dược - Bộ Y tế công bố còn hiệu lực; từ đó dẫn đến giá trúng thầu vượt giá thực tế gần 95 tỷ đồng. Các danh mục thuốc này do Công ty CP Thương mại Dược phẩm Nhật Lệ; Công ty TNHH MTV Dược Tâm Thành; Công ty TNHH Dược phẩm Tài Thịnh cung ứng.
Không những vậy, theo Quyết định số 2976/QĐ-SYT ngày 24/11/2015 của Sở Y tế Quảng Ngãi về phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu Gói thầu số 01, có 3 mặt hàng vượt giá Cục Quản lý Dược công bố với số tiền gần 19 tỷ đồng do Công ty CP Dược - TTBYT Đà Nẵng; Công ty TNHH DP Tài Thịnh; Công ty CP XNK Y tế Domesco - Đồng Tháp cung ứng.