UBND tỉnh cho phép công ty này được xả nước thải ra biển theo hình thức tự chảy đến hết ngày 28/2/2018. Nguồn tiếp nhận nước thải là vùng biển ven bờ thuộc xã Hải Yến, huyện Tĩnh Gia (Thanh Hóa); nước thải xả ra biển theo hình thức tự chảy 24 giờ/ngày đêm với lưu lượng lớn nhất 500m3/ngày đêm.
Chất lượng nước xả thải ra môi trường của công ty không vượt quá mức tối đa cho phép theo QCVN 40:2011/BTNMT (Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp). Cụ thể chỉ số nhiệt độ đo được thấp hơn 40 độ C, chì: 0,715 mg/lít nước, thủy ngân: 0,0143 mg/lít nước, tổng xianua 0,143 mg/lít nước...
Phương thức xả nước thải là tự chảy, chế độ xả nước thải 24h/ngày đêm, lưu lượng xả nước thải lớn nhất là 500 m3/ngày đêm, lưu lượng xả nước thải trung bình là 480 m3/ngày đêm. Giá trị thông số các chất ô nhiễm chính có trong nước thải của đơn vị được phép xả vào nguồn nước tiếp nhận không vượt quá giá trị quy định tại Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp.
UBND tỉnh Thanh Hóa yêu cầu Công ty TNHH lọc hóa dầu Nghi Son tuân thủ các nội dung quy định của pháp luật về xả nước thải, quan trắc liên tục lưu lượng nước thải qua đồng hồ đo lưu lượng xả thải tại vị trí trước khi đấu nối vào kênh thoát nước thải dẫn ra vùng biển ven bờ; quan trắc định kỳ chất lượng nước thải từ quá trình làm sạch và vận hành thử nghiệm của dự án liên họp lọc hóa dầu Nghi Sơn trước khi xả ra vùng biển ven bờ.
Bên cạnh đó là quan trắc định kỳ chất lượng nước biển ven bờ tại 3 vị trí: vị trí điểm xả nước thải, vị trí cách điểm xả thải 500m về phía Bắc và vị trí cách điểm xả thải 500m về phía Nam; tần suất quan trắc 3 tháng/lần. Công ty TNHH lọc hóa dầu Nghi Sơn cũng phải thu gom, vận hành hệ thống xử lý nước thải theo đúng quy trình, công nghệ đã trình bày trong hồ sơ đề nghị cấp phép; bảo đảm các thông số chất lượng nước thải luôn đạt quy chuẩn cho phép.