Đây không phải lần đầu di chỉ này bị xâm phạm, thậm chí có thời điểm ở nguy cơ xóa sổ. Khu vực này được xác định là một phức hệ di chỉ cư trú - mộ táng phát triển liên tục qua các thời kỳ văn hóa Đồng Đậu - Gò Mun - Đông Sơn thuộc giai đoạn tiền sử và sơ sử ở miền Bắc nước ta.
Chính sự bất cập trong quy hoạch đô thị và giao thông đã khiến số phận của một di sản đang bị bào mòn và có thể mất vĩnh viễn nếu không khẩn cấp bảo vệ. Điều đáng nói là, trước khi quy hoạch khu đô thị mới Kim Chung – Di Trạch và đường vành đai 3,5 của thành phố, di chỉ khảo cổ học đã được phát hiện và công bố những vẫn bị quy hoạch “cắt” vào.
Trước sự xâm phạm nghiêm trọng di chỉ, các nhà khảo cổ, nhà nghiên cứu văn hóa và cơ quan thông tin đại chúng đồng loạt lên tiếng đề nghị Hà Nội có biện pháp bảo vệ di chỉ Vườn Chuối.
Tháng 4/2019, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cho phép khai quật ba khu vực: Gò Vườn Chuối, gò Mỏ Phượng và gò Dền Rắn. Các dự án xây dựng liên quan tới khu vực Vườn Chuối cũng tạm dừng thi công để các nhà khảo cổ tiến hành thăm dò và khai quật khảo cổ học.
Tuy vậy, cuối tháng 10/2019, khi Viện Khảo cổ học công bố kết quả khảo cổ và đề xuất các phương án bảo vệ di chỉ Vườn Chuối thì ngay sau đó, di chỉ này tiếp tục bị xâm phạm.
